Atatürk, Genel Kurmay Başkanlığı’na gönderdiği 6 Kasım 1918 tarihli telgrafta, İngilizlerin İslâhiye’de Ermeni çetelerini eyleme geçirdiklerine değinerek, onların asıl amacının İskenderun’u işgal edip, 7. Orduyu teslim olmaya zorlamak olduğunu bildirdi. Böylece daha o tarihte, Ermenilerin, İngilizler tarafından maşa olarak kullanıldığını anlamış ve bu tespitini ilgililerle paylaşmıştı.
9. Ordu Müfettişi olarak bölgeye gelişinden 2 gün sonra, Başbakanlık ve Genel Kurmay Başkanlığı makamlarına gönderdiği 21 Mayıs 1919 tarihli telgrafta, Samsun Sancağı’ndaki eşkıyalık faaliyetleri kapsamında, Ermeni çetelerinden bahsetti. Bunların Ermeni göçü sırasında politik nitelik aldığını, Ruslar tarafından kışkırtıldıklarını ve onlardan yardım gördüklerini dile getirdi. Bu suretle, İngilizlerin yanı sıra Rusların da Ermeni kışkırtıcılığı yaptığını ortaya koydu.
Daha Samsun’da iken, Genel Kurmay Başkanlığı’na gönderdiği 24 Mayıs 1919 tarihli raporda, 15. Kolordunun güçlendirilmesini istedi ve gerekçe olarak Ermeni meselesini gösterdi. Silahlı 300 kadar Ermeni’nin üç makineli tüfek ve bir çok bomba ile Kars’tan Kosor’a geldiklerini, politik amaçlarını sürdürdüklerini, Doğu illerini güvensiz göstermek için bölgeye çeteler getirmeye devam edeceklerini, Ateşkesten sonra ortaya çıkan durumun onların eylemlerini kolaylaştırdığını ifade etti.
Ermenilerin faaliyetlerini yakından izleyen Atatürk, 30 Mayıs 1919’da Kâzım Karabekir Paşa’ya yazdığı şifreli telgrafta, Ermenilerin Sarıkamış civarına 10 bin asker yığdıkları, Ermeni anarşisti Antranik’in 30 bin dolayında güçle Van yöresine inmekte olduğu şeklinde haberler aldığını bildirdi. Bu haberlerin doğruluk payını ve de kendi görüşlerini de belirtmesini istedi. Ayrıca Anlaşma devletlerinin atalarımızdan kalan topraklarımızı çiğnemeyi HRİSTİYANLIK adına bir görev saydıklarını, bu yüzden doğuda bazı illerimizin Ermenilerin önüne sürülebileceğini söyledi.
Atatürk, Havza’dan 5 Haziran 1919 tarihinde Harbiye Nezareti’ne gönderdiği bir raporda, Amasya ve çevresinde, kimlikleri yeterince belirlenemeyen ancak fazla da etkili olmayan birkaç Ermeni çetesinin bulunduğunu, bazı Ermeni kundakçılarının da güvenliği bozuk göstermek ve işgalleri teşvik etmek amacıyla eylemler yaptıklarını bildirdi. Ayrıca Ermeni komitacıların da sürekli ilişki ve bağlantıda bulundukları İngiliz subayları ile bir takım Amerikan görevlilerinden çok yüz bulduklarını yazdı. Erzurum, Erzincan ve Van vilayetlerinin doğusunda ve Kafkas dolaylarında Ermenilerin çalışma ve hazırlıkları olduğuna dikkat çekti.
5 Haziran 1919 tarihli telgrafta ise, Ermeni göçü sırasında, Merzifon’da çok sayıda Ermeni kaldığını, ayrıca başka yerden gelenler ve göçten dönenler yüzünden sayılarının sürekli arttığını ve Merzifon’daki Ermeniler ile İngiliz subayları arasındaki işbirliğinin Patrikhane destekli olduğunu ve Merzifon’daki Amerikan Koleji’nin görüşme ve eylem merkezi olarak seçildiğini açıkladı.
Tüm zararlı unsurları olduğu gibi Ermenilerin bölgedeki menfi faaliyetlerini de dikkatle izleyen Atatürk, silahlı 300 Ermeni’nin Oltu Hükümetini kurmak için buraya geldiklerini, Oltu Müslüman Meclisi’nin kendilerini sadece konuk olarak alabileceklerini belirtmesi üzerine, oralı olan birkaç kişi dışında Ermeni asker ve jandarmasının geri gittiğini, bundan başka 15 subay ve değişik sınıflardan 500 dolayında bir Ermeni kuvvetinin Sarıkamış’a geldiğini, bu kuvvetten ayrılan, dördüncü alaya bağlı iki subayla yüz dolayında erin sınır yakınlarındaki Rum köylerinin korunması için Rumların başvurusu üzerine Karaurgan’a gittiğini, İngiliz subaylarınca yönetilen 6 bin kişilik güçte oldukları sanılan Ermeni birliğinin Nahçıvan ve çevresini işgal ettiğini, bunlardan yanlarında top ve makineli tüfek bulunan yüz kişilik bir birliğin Diyadin bölgesinde, sınırın Kafkas bölümündeki Kürt köylerine saldırdığını ancak Mollaömer’de yenilerek çekildiklerini 11 Haziran 1919 tarihli telgrafla Harbiye Nezareti’ne bildirdi.
12 Haziran 1919 tarihli telgrafta ise, bölge halkı gibi, kendisinin de Doğu illerinden bir karış toprağın bile Ermenistan’a bırakılamayacağı, bir tek Ermeni askerinin sınırımızın bu tarafına geçmesi halinde ateşle karşılık göreceği, ancak hükümetler arasında varılacak bir mutabakatla ve hiçbir yerde çoğunluk olmamak üzere Ermeni göçmenlerinden isteyenlerin hükümetin kontrolünde ve adalet güvencesi altında ülkeye alınabileceğini ifade etti.
Atatürk, 26 Haziran’da Tokat’a, 27 Haziran’da Sivas’a ve 3 Temmuz 1919’da da Erzurum’a geldi. Buradan, İstanbul’a çağrılmasına rağmen, bu çağrıya uymayacağını belirten ve Başbakan Damat Ferit Paşa’ya hitaben yazdığı 6 Temmuz 1919 tarihli telgrafta, söze Ermeni sorunu ile başladı, Ermenistan’a bırakılacağı sözü verildiğini duyarak kaynayan ve coşan Doğu illeri halkı arasından çıkıp gelmek konusundaki isteği yerine getirmekte maddi ve manevi olarak yasaklanmış bulunduğunu şu sözlerle ifade etti: “Ermenistan’a vaâd edildiğini bilmekle heyecan ve galeyanda bulunan Doğu Vilâyetleri ahalisi arasından çıkıp gelmek hususundaki teklifi yerine getirmekte şahsî irademi kullanmakta manen ve maddeten memnu bulunuyorum”.
23 Temmuz 1919’da Erzurum Kongresi’ni açarken yaptığı konuşmada Osmanlı uyruğunda olan Ermenilerin gördükleri yardım ve kışkırtmalar sonunda büyük taşkınlıklardan başlayarak sonunda kanlı olaylara varıncaya kadar utanmazcasına saldırılar yaptıklarını anlattı. Ulusal denetimden yoksun hükümetlerin güçsüz ve yeteneksiz uygulamaları ve başkent basınının menfi propagandalarının bu saldırıları artırdığını ifade etti. Ülkenin parçalanmaya çalışıldığına dikkat çekerek, bu uğurdaki faaliyetlerden birinin de Doğu illerimizde ve Adana, Kozan yöresinde Ermenistan kurma hayali olduğunu söyledi. Dünyada gelişen çeşitli olaylardan bahsederken de, yayılma düşüncesine kapılan Ermenilerin Nahçıvan’dan Oltu’ya kadar bütün Müslüman halka baskı ve bazı yerlerde soy kırımı ve soygunculukta bulunduklarını, sınırlarımıza yakın yerlerde bulunan halkı yok etmeye kararlı olduklarını ve bunları göçe zorlayarak amaçlarına yaklaşmak, bir yandan da dört yüz bin kişi olduğunu söyledikleri Osmanlı Ermenilerini bir dayanak olmak üzere yurdumuza yerleştirmek niyetinde olduklarını ifade etti.
Amerika’nın Türkiye’deki eğitim faaliyetlerine dikkat çekti. Sivas’ta 25 kadar müessese ihdas ettiklerini ve bunlardan yalnız bir tanesinde bin beş yüz kadar Ermeni talebe olduğunu hatırlattı. Ayrıca, Amerikalıların, Ermenistan mandaterliğini neden terk ettiklerini sordu.
Ermeni meselesini Türkiye’ye gelen yabancılarla da görüşen Atatürk, General Harbord eşliğinde gelen bir heyetin kendisinden Müslüman olmayan yurttaşlar ve özellikle Ermeniler hakkındaki düşüncesini sorduğunu ve kendisinin de Yurdumuzda dini İslam olmayarak yaşayanların tümüne olduğu gibi Ermenilere karşı da hiçbir kötü düşüncelerinin olmadığını, tersine onların her türlü vatandaşlık haklarına saygılı olduklarını ancak İngilizlerin aldatıcı haberler çıkardıklarını söylediğini 21 Eylül 1919 tarihli telgrafla Kâzım Karabekir Paşa’ya bildirdi. Aynı belgede ayrıca Harbord’un Erzurum’da 40 bin kişilik bir gücün toplanarak Ermenistan’a saldırılacağı ve Turancılık hedefinin gerçekleştirilmesine çalışılacağı şeklinde aldığı duyumların yanlış olduğunu da kendisine söylediğini ifade ederek, Ermenilerce Erzurum’da halka yapılan acımasızlığın var olan kalıntılarının, Erzurum’a gelecek olan Harbord ve heyetine gösterilmesinin de uygun olacağını Kâzım Karabekir Paşa’ya tavsiye etti.
Ateşkes antlaşmasından sonra İstanbul Hükümeti’nin acizliğinden yararlanan İngiliz ve Fransızların Adana, Urfa, Maraş, Antep gibi şehirlerde Ermeni işgalini ve örgütlenmesini kesinleştirdiğini, Fransız ve İngiliz görevlileri ile Ermeni komitalarının ve oralarda bulunan Ermeni topluluğunun açıktan açığa Müslümanların haklarına saldırdıklarını; Osmanlı topraklarının değişik yerlerinde yaşayan Ermenilerin, güney bölgelerine girmelerinin kolaylaştırıldığını, yabancı üniforması ile Ermeni birliklerinin buralara gönderildiğini 21 Eylül 1919 tarihli telgrafla Kolordu komutanlarına ve adı geçen illerin merkez kurullarına bildirdi.
Atatürk, 2 Ekim 1919’da Sivas’tan İstanbul belediyesine, basınına ve halkına yönelik yayınladığı bildiride, İstanbul Hükümeti ve onun başında bulunan Damat Ferit Paşa’nın haince faaliyetlerini anlatırken yine Ermeni sorununa değindi ve adı geçen kişinin Doğu illerimizde geniş bir Ermenistan kurulmasına istekli olduğunun, gerek Saltanat Şurası’nda ve gerekse Paris Konferansı’nda yaptığı konuşmalardan, anlaşıldığını ifade etti. Ferit Paşa Kabinesi’nin düşürülmesinden sonra kurulan yeni hükümetten gelen bir telgrafa 9 Ekim 1919’da cevap verirken, Ferit Paşa’yı, Ermenilerin, Rumların ve İngilizler başta olmak üzere Anlaşma devletlerinin politikalarına araç olan bir kişi olarak nitelendirdi.
Ermeni Sorunu, Ermeni ulusunun gerçek çıkarlarından çok, dünya kapitalistlerinin ekonomik ve politik çıkarlarına göre çözümlenmek istenmiştir.
Ermenilerin, yabancılar tarafından kışkırtıldıklarını her fırsatta dile getiren Atatürk, Sivas’tan Bursa’daki 56. Tümen Komutanı Bekir Sami Bey’e gönderdiği 10 Kasım 1919 tarihli telgrafta, Adana ve çevresindeki Ermeni olaylarının arkasında Fransa’nın olduğunu ifade etti.
Ermeni sorunu karşısında Araplarla işbirliğinden yana olan Atatürk, Türk ve Arap ulusları arasına girmiş olan Fransız-Ermeni işgal birliklerini yok ederek, güvenli bir biçimde kendileriyle bağlantı kurmak için harekete geçtiklerini, 24 Ocak 1920 tarihli bir telgrafla Halep’te Arap Ulusal Örgütü Başkanlığına bildirerek onlara önerilerde bulundu.
Maraş’ta Fransız ve Ermenilerin, Müslümanları öldürmeye devam ettiğini, olayların insanlığı ayaklandıracak boyutta olduğunu belirten Atatürk, her yerde mitingler yapılmasını, Hükümet ve yabancı temsilcilerin dikkatlerinin çekilmesini ve felakete uğrayan Maraş halkının yapılan girişimler hakkında bilgilendirilmesini 29 Ocak 1920 tarihli telgrafla Sivas Merkez Kurulu’ndan istedi. Yine aynı kurula gönderdiği 31 Ocak 1920 tarihli telgrafta genel durum hakkında bilgiler verirken, Fransızların Adana ve çevresinde Ermenileri silahlandırmakta olduklarını ve her gün 8-10 Türkün Ermenilerce katledildiğini dile getirdi.
Ermenistan’ın bağımsız bir devlet haline getirilmesinin, bir Kafkas setti oluşturarak Türkiye’yi doğudan baskı altına almak planının bir parçası olduğunu 5 Şubat 1920 tarihli telgrafla kolordu komutanlarına bildirdi.
Fransızların kendileriyle yapılan görüşmelerde verdikleri sözlere uymadıklarını, Ermenileri silahlandırarak kışkırttıklarını, zaman kazanmaya çalıştıklarını belirten Atatürk, 11 Şubat 1920 tarihli telgrafla, emrindeki askeri birliklere adı geçen unsurlara karşı alınması gereken tedbirleri bildirdi.
Yurdun diğer bölgeleri gibi Adana’nın da düşman işgalinden kurtarılmasına kadar silahların elden bırakılmayacağını, bölgede Ermenilere karşı saldırı olmadığını, Fransızların silahlandırdığı ve kışkırttığı Ermenilerle bir takım olaylar çıkmışsa, bunun sorumluluğunun Ermeni milliyetçilerine ve onları kışkırtanlara yüklenmesi gerektiğini 21 Şubat 1920 tarihli telgrafla Harbiye Nezaretine iletti.
Damat Ferit Paşa Hükümetinin hainliklerinden bahsederken her fırsatta Ermeni meselesine değinen Atatürk, Ferit Paşa’nın yeniden iktidara getirilmesi üzerine bundan rahatsızlık duydu ve 8 Nisan 1920’de Erzurum valiliğine gönderdiği genelgede Ferit Paşa’nın önceki yaptıklarını anlattıktan sonra, onun yeni görevinin Müslüman halkı birbirine düşürerek ülkeyi içerden parçalamak ve böylece Yunanlılara ve Ermenilere kolayca çiğnetmek olacağını ancak bu sefer başaramayacağını ifade etti.
Moskova’da bulunan Dışişleri Bakanı Bekir Sami Bey’e gönderdiği 16 Ekim 1920 tarihli telgrafta, Van ve Bitlis illerinden bazı yerlerin ayrılarak Ermenilere verilmesinin Ruslar tarafından istendiğini hatırlatarak, Ankara Hükümetinin emperyalizm ve kapitalizme karşı yaptığı mücadelede kendisine doğal bir yandaş olarak gördüğü Rusya Sovyetler Cumhuriyeti hakkındaki düşüncelerinin değiştiğini ve kuşkuya dönüştüğünü belirtti. Van ve Bitlis illerinde eskiden olduğu gibi bu gün de Ermenilerin çoğunluk olmadığını dolayısıyla Ermeni azınlığa toprak verilmesi isteğinin Sovyet Sosyalist Cumhuriyeti’nden de gelse emperyalist bir düşüncenin ürünü olduğunu ve kabul edilemeyeceğini bildirdi. Ermenilere toprak verilmesi halinde Ankara Hükümeti’nin İstanbul Hükümeti’nden bir farkı kalmayacağını dile getirdi. Ancak Türkiye’den göç etmiş olan Osmanlı Ermenilerinin göçten önce bulundukları yerlere dönmelerine engel olunmayacağını ve bu yolla gelecek halka, öteki azınlıklara sağlanan hakları eksiksiz sağlamayı görev bildiklerini ifade etti.
Gümrü’de barış görüşmelerini sürdüren Hamit ve Necati beylere hitaben gönderdiği 23 Kasım 1920 tarihli telgrafla, Ermenilerle görüşmelerimizde hiçbir yerin karışması ve aracılığının söz konusu olmamasını, özellikle Ermenilere vekil olarak ve onları korumak amacıyla karışmak isteyenlere karşı aracılık kabul edilmeyeceğini açıklamalarını istedi, haklarından özveride bulunamayacaklarını belirtti.
Roma’da yayımlanan United Telgraf Gazetesi temsilcisinin sorularına cevap olmak üzere yazdığı 24 Aralık 1920 tarihli mektupta, Ermenilerle bağımsızlık ilkesine dayanarak barış yapıldığını ve Ermenistanla dostça ilişkiler kurulduğunu, Türkler’in Ermeniler’i öldürdükleri söylentilerinin yalan ve uydurma olduğunu, bunun yabancı temsilcilerin raporlarıyla belgelendiğini, ayrıca tarafsız kurulların bu konuda Ülkemizde araştırma yapmalarını sevinçle karşılayacaklarını, Türk halkına Ermenilerin yaptığı işkence ve öldürme olaylarının Ordumuzun Ermenistan’a müdahalesini zorunlu kıldığını ve bunun belgelerle sabit olduğunu bildirdi.