Paralı yol ve feribot seçenekleri Yandex.Navigasyon’da belirtiliyor. Kullanıcılar isterse paralı yolları devredışı bırakacak rotalar oluşturabiliyor. Ayrıca bazı yerler için 3 farklı alternatif rota sunuluyor.

Gidilecek rota üzerinde paralı yol ya da geçişlerin kullanılması veya feribota binilmesi gerekiyorsa bu kullanıcıya ayrı bir bildirimle iletiliyor.

Yandex.Navigasyon’un güncel sürümü uzun yolculuklarda, yolculuk boyunca trafik durumunu da tahmin ederek belirliyor. Uzun bir yolculuk rotası belirlendiğinde trafik durumunun rota başı, ortaları ve sonlarında ne şekilde farklı olacağı tahmin edilerek rotayı ve trafikte geçecek süreyi bu tahmine göre hazırlıyor.